El Club empieza en la categoría tercera regional burgalesa, con el nombre "Club Deportivo y Recreativo San Felices", terminando la temporada como campeón y ascendiendo a segunda regional.
En 1956 el club se proclama campeón de la primera edición del torneo “Director-Consejero SESA”, organizado por el Club Deportes SESA.
Abel, presidente del C.D.R San Felices con el trofeo de campeón de juveniles en La Milanera.
En 1959 es refundado con el nombre de "Real San Felices" por D.Antonio Villar Colina “El Sastre”. Así continuó compitiendo durante más de una década hasta que en 1973 “El Sastre” abandona el equipo, causando su disolución.
En esta etapa pasaron grandes jugadores como Toti, Cano, Amós, Garrido, Calvo y Del Moral, alguno de ellos llegando a competir en tercera división.
Uno de los jugadores más famosos que comenzó en este club es Miguel Ángel Portugal, jugador y entrenador que fue campeón de Liga y Copa con el Real Madrid.
Miguel Ángel Portugal, en su etapa en el Real Madrid.
Tras 24 años, el club vuelve a ser constituido con el nombre Club Deportivo San Felices, con Moisés Marín Saez como presidente y José María Briones Merino como vicepresidente, fijando la sede social en el bar Barcena, propiedad del tesorero del club Gregorio Bárcena.
En esta primera temporada, se vuelven a usar los colores azul y blanco en honor al antiguo San Felices de los años 60.
Comenzaron la competición 2 equipos en categoría Benjamín y Alevín, consiguiendo un ascenso en su primer año y sacando equipos en nuevas categorías en los siguientes años según el club continuaba creciendo.
En la temporada 2024-2025 se lleva a cabo un importante cambio en la gestión del club y se realiza un cambio de la imagen de la marca y de los socios del club, pasando a ser llamado San Felices United.
También se amplía el número de equipos en competición y se superan los 200 jóvenes jugadores repartidos en 13 equipos.